Kế Toán Tài Chính Định khoản - Hạch toán Hạch toán lệ phí hải quan và những nguyên tắc cần biết

Hạch toán lệ phí hải quan và những nguyên tắc cần biết

Hạch toán lệ phí hải quan là một nghiệp vụ quan trọng trong quá trình xuất nhập khẩu hàng hóa của doanh nghiệp. Việc thực hiện đúng và đủ không chỉ giúp xác định chính xác giá vốn, kiểm soát chi phí mà còn đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật về kế toán và thuế. Bài viết này của ketoan.vn sẽ hướng dẫn chi tiết các tài khoản sử dụng, nguyên tắc ghi nhận, quy trình và những lỗi thường gặp để kế toán có thể dễ dàng áp dụng trong thực tế.

1. Tài khoản hạch toán lệ phí hải quan

Lệ phí hải quan là khoản phí bắt buộc mà doanh nghiệp phải nộp khi làm thủ tục xuất nhập khẩu hàng hóa. Khoản phí này được cơ quan nhà nước thu để bù đắp chi phí cho các hoạt động quản lý, kiểm tra và giám sát của ngành hải quan.

Việc hạch toán lệ phí hải quan một cách chính xác không chỉ giúp doanh nghiệp quản lý chi phí hiệu quả mà còn đảm bảo tuân thủ các quy định pháp luật về kế toán và thuế. Điều này giúp tránh được các rủi ro pháp lý và tài chính trong quá trình hoạt động kinh doanh.

hạch toán lệ phí hải quan
Hạch toán lệ phí hải quan giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro về pháp lý và tài chính

Lệ phí hải quan thường được hạch toán vào các tài khoản kế toán phù hợp tùy thuộc vào mục đích và bản chất của chi phí. Một số tài khoản thường được sử dụng có thể kể đến như: 

  • TK 641 – Chi phí bán hàng: Ghi nhận các khoản lệ phí gắn trực tiếp với hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh.
  • TK 642 – Chi phí quản lý doanh nghiệp: Áp dụng cho các khoản phí không liên quan trực tiếp đến hàng hóa, ví dụ như phí xử lý hồ sơ hay phí cấp phép.
  • TK 335 – Chi phí phải trả: Sử dụng để phản ánh tạm thời các khoản lệ phí đã phát sinh nhưng doanh nghiệp chưa thanh toán.
  • TK 627 – Chi phí sản xuất chung: Dùng trong trường hợp lệ phí liên quan đến dự án hoặc hàng hóa vẫn đang trong quá trình sản xuất.

2. Các loại lệ phí hải quan

2.1 Các loại lệ phí hải quan

Lệ phí thủ tục xuất nhập khẩu

Khoản phí phải nộp khi khai báo hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Lệ phí xử lý hồ sơ

Bao gồm phí đăng ký tờ khai, phí thẩm định, cấp giấy phép hoặc chứng từ liên quan.

Lệ phí kiểm tra và giám sát

Phí kiểm tra hàng hóa, phân tích mẫu, hoặc kiểm tra đặc biệt đối với hàng nhập khẩu.

Lệ phí đăng ký và cấp chứng từ

  • Phí đăng ký đối tượng đặc biệt (hàng có điều kiện nhập khẩu).
  • Phí cấp chứng nhận xuất xứ (C/O).

Lệ phí xử lý vi phạm

  • Áp dụng khi doanh nghiệp hoặc cá nhân vi phạm quy định hải quan.
  • Có thể bao gồm lệ phí xử lý vi phạm và phạt bổ sung.

Lệ phí cung cấp dịch vụ

  • Phí cung cấp thông tin, tư vấn thủ tục hải quan.
  • Phí dịch vụ hỗ trợ khách hàng, dịch vụ ưu tiên.

Lệ phí đăng ký các chương trình đặc thù

Phí tham gia chương trình ưu đãi thuế quan, chương trình thí điểm hoặc thử nghiệm.

hạch toán lệ phí hải quan
Lệ phí hải quan được phân thành nhiều loại khác nhau

2.2 Mức thu và chính sách miễn giảm

  • Mức thu lệ phí được quy định cụ thể trong các văn bản pháp luật và có thể điều chỉnh theo từng giai đoạn.
  • Một số trường hợp được miễn, giảm lệ phí, ví dụ:
    • Hàng hóa viện trợ nhân đạo.
    • Hàng hóa xuất khẩu thuộc diện ưu đãi.
    • Trường hợp đặc biệt được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.

2.3 Quy trình thu nộp

  • Doanh nghiệp nộp lệ phí trực tiếp tại cơ quan hải quan hoặc qua hệ thống thanh toán điện tử.
  • Việc nộp phải đúng thời hạn quy định để tránh vi phạm.
  • Sau khi nộp, doanh nghiệp nhận biên lai hoặc chứng từ xác nhận để làm căn cứ hạch toán và lưu trữ.

2.4 Quản lý và giám sát lệ phí hải quan

  • Các khoản lệ phí được quản lý theo quy định của pháp luật, đảm bảo công khai, minh bạch và sử dụng đúng mục đích.
  • Cơ quan hải quan thực hiện giám sát, kiểm tra định kỳ nhằm đảm bảo tính chính xác và minh bạch trong toàn bộ quá trình thu, quản lý và sử dụng lệ phí.

3. Quy định pháp luật về lệ phí hải quan

Căn cứ pháp lý

Việc hạch toán và nộp lệ phí hải quan được điều chỉnh bởi các văn bản sau:

  • Luật Hải quan 2014, đã được sửa đổi, bổ sung năm 2016.
  • Nghị định 08/2015/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Hải quan.
  • Thông tư 228/2016/TT-BTC hướng dẫn thu, quản lý và sử dụng lệ phí hải quan.
Nghị định 08/2015/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Hải quan
Nghị định 08/2015/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Hải quan là một trong những căn cứ pháp lý cho việc hạch toán

Quy định về mức thu và quy trình nộp

  • Mức thu lệ phí được quy định cụ thể trong các văn bản pháp luật và có thể thay đổi tùy từng giai đoạn.
  • Một số trường hợp đặc biệt được miễn hoặc giảm lệ phí, ví dụ: hàng hóa viện trợ nhân đạo, hàng xuất khẩu thuộc diện ưu đãi.
  • Doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp lệ phí hải quan đúng quy định, trực tiếp tại cơ quan hải quan hoặc qua các hình thức thanh toán điện tử.
  • Sau khi hoàn tất nghĩa vụ tài chính, doanh nghiệp sẽ được cấp biên lai hoặc chứng từ xác nhận nộp lệ phí để làm căn cứ hạch toán và lưu trữ hồ sơ.

4. Nguyên tắc khi hạch toán lệ phí hải quan

Lệ phí hải quan là khoản chi trả bắt buộc trong quá trình xuất nhập khẩu hàng hóa và được áp dụng theo quy định của pháp luật về hải quản. 

  • Có căn cứ pháp lý rõ ràng: Mỗi khoản lệ phí hải quan được ghi nhận phải dựa trên quy định pháp luật: Luật Hải quan, nghị định, thông tư do Bộ Tài chính hoặc cơ quan quản lý hải quan ban hành. Điều này đảm bảo tính hợp pháp và minh bạch khi ghi chép chi phí.
  • Có chứng từ hợp lệ: Để ghi nhận và hạch toán, doanh nghiệp phải có chứng từ hợp lệ như biên lai thu lệ phí, giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước, tờ khai hải quan có xác nhận, ủy nhiệm chi hoặc phiếu chi ngân hàng… Những chứng từ này là cơ sở xác minh tính đúng đắn của nghiệp vụ.
  • Phát sinh trong hoạt động xuất nhập khẩu: Lệ phí hải quan chỉ được ghi nhận khi nó thực sự liên quan đến việc thực hiện thủ tục xuất hoặc nhập khẩu hàng hóa. Những chi phí không gắn với hoạt động này không được ghi vào loại lệ phí hải quan.
  • Xác định và phân loại rõ ràng: Doanh nghiệp cần phân biệt rõ loại lệ phí nào cần được gộp vào giá thành hàng hóa nhập khẩu, loại nào cần ghi vào chi phí quản lý/doanh nghiệp. Việc phân loại đúng giúp báo cáo tài chính phản ánh chính xác chi phí và hiệu quả kinh doanh.
  • Ghi nhận chi phí bổ sung vào giá thành khi phù hợp: Nếu lệ phí hải quan liên quan trực tiếp đến việc nhập khẩu hàng hóa (ví dụ: phí thông quan, kiểm tra), những chi phí này nên được cộng vào giá gốc hàng hóa để phản ánh đầy đủ chi phí nhập khẩu theo chuẩn mực kế toán về hàng tồn kho.
  • Ghi nhận tại thời điểm phát sinh: Khi lệ phí phát sinh (với chứng từ hợp lệ), doanh nghiệp phải ghi nhận ngay vào sổ kế toán — không được trì hoãn để tránh méo mó chi phí thực tế của kỳ. 
  • Tách biệt với thuế hoặc các loại phí khác: Lệ phí hải quan là loại chi phí hành chính, không được trộn lẫn hoặc ghi nhầm vào tài khoản thuế (ví dụ TK 333) hay các chi phí khác. Việc này giúp giữ tính minh bạch và tránh sai sót khi làm báo cáo tài chính hoặc kiểm tra thuế.
hạch toán lệ phí hải quan
Hạch toán lệ phí hải quan phải đúng với quy định của pháp luật

5. Nghiệp vụ hạch toán lệ phí hải quan hàng

5.1 Nghiệp vụ hạch toán hàng nhập khẩu

Lệ phí tính vào giá trị hàng nhập kho 

Các khoản lệ phí hải quan được xem là chi phí cần thiết để đưa hàng hóa về đến kho. Theo Chuẩn mực kế toán VAS 02, chi phí này phải cộng vào giá gốc hàng nhập:

Khi ghi nhận hóa đơn chi phí:

Nợ TK 152/156 – Nguyên liệu, vật liệu/Hàng hóa

Nợ TK 1331 – Thuế GTGT đầu vào (nếu có)

Có TK 331 – Phải trả nhà cung cấp dịch vụ

Khi thanh toán:

Nợ TK 331

Có TK 111/112 – Tiền mặt/Tiền gửi ngân hàng

Lệ phí không liên quan trực tiếp đến hàng nhập kho

Nếu phát sinh các khoản phí không gắn liền với lô hàng, chẳng hạn như phí tư vấn hay phí hỗ trợ thủ tục, thì được hạch toán vào chi phí quản lý doanh nghiệp:

Khi nhận hóa đơn:

Nợ TK 642 – Chi phí quản lý doanh nghiệp

Nợ TK 1331 – Thuế GTGT đầu vào (nếu có)

Có TK 331 – Phải trả cho đơn vị cung cấp dịch vụ

Khi thanh toán:

Nợ TK 331

Có TK 111/112

5.2 Hạch toán lệ phí hải quan hàng xuất khẩu

Đối với hoạt động xuất khẩu, lệ phí hải quan (phí thủ tục, phí kiểm tra…) được ghi nhận vào chi phí bán hàng, theo Thông tư 200/2014/TT-BTC:

Khi nhận hóa đơn phí dịch vụ:

Nợ TK 641 – Chi phí bán hàng

Nợ TK 1331 – Thuế GTGT đầu vào (nếu có)

Có TK 331 – Phải trả cho đơn vị cung cấp dịch vụ

Khi thanh toán:

Nợ TK 331

Có TK 111/112

6. Các bước hạch toán lệ phí hải quan 

Hạch toán lệ phí hải quan chính xác không chỉ giúp doanh nghiệp kiểm soát chi phí và xác định đúng giá vốn mà còn đảm bảo minh bạch tài chính, tuân thủ quy định pháp luật, góp phần tạo nền tảng ổn định và phát triển bền vững cho doanh nghiệp.

Bước 1: Ghi nhận chi phí trước hải quan

  • Vào phân hệ Mua hàng → Tab Mua hàng → chọn Thêm chứng từ mua dịch vụ.
  • Khai báo thông tin: phương thức thanh toán, tích chọn “Là chi phí mua hàng”, nhập chi phí trước hải quan → nhấn Cất.

Lưu ý:

  • Nếu chi phí phát sinh bằng ngoại tệ, cần chọn loại tiền và nhập tỷ giá quy đổi.
  • Trước khi lập chứng từ, cần khai báo phí trước hải quan dưới dạng dịch vụ trong danh mục Vật tư hàng hóa.

Bước 2: Ghi nhận chi phí vận chuyển hàng về kho

Thao tác thực hiện tương tự bước 1, áp dụng cho các khoản phí vận chuyển đưa hàng về kho.

Bước 3: Ghi nhận chứng từ mua hàng nhập khẩu nhập kho

  • Trong phân hệ Mua hàng, chọn Thêm chứng từ mua hàng.
  • Chọn loại chứng từ “Mua hàng nhập khẩu nhập kho”, khai báo phương thức thanh toán và tỷ giá quy đổi.

Tại các tab:

  • Phí trước hải quan: Chọn chứng từ chi phí, nhập số tiền phân bổ → nhấn Đồng ý → chọn Phân bổ CP.
  • Thuế: Nhập tỷ giá và thuế suất, hệ thống sẽ tự động tính toán.
  • Phí hàng về kho: Thực hiện phân bổ chi phí tương tự như phí trước hải quan.

Bước 4: Kết chuyển chi phí vào giá mua hàng

  • Vào phân hệ Tổng hợp → chọn Chứng từ nghiệp vụ khác.
  • Lập bút toán kết chuyển các khoản chi phí vào giá gốc hàng nhập kho.

7. Một số lỗi thường gặp khi thực hiện nghiệp vụ hạch toán lệ phí hải quan 

7.1 Hạch toán chi phí logistics không gắn với mã bill/hóa đơn

Một sai lầm phổ biến là kế toán ghi nhận chi phí logistics (nâng hạ, vận chuyển, hải quan…) vào TK 632 nhưng không đối chiếu theo từng mã bill hoặc hóa đơn. Điều này gây khó khăn trong việc kiểm soát, cũng như phân bổ chi phí đúng cho từng đơn hàng.

Cách xử lý:

  • Ghi nhận chi phí logistics theo từng đơn hàng hoặc mã bill cụ thể.
  • Sử dụng tài khoản chi tiết hoặc công cụ quản lý để theo dõi riêng biệt.
  • Đảm bảo chi phí phát sinh được gắn trực tiếp với doanh thu của từng hóa đơn.

Định khoản:

Khi phát sinh chi phí logistics:

Nợ TK 154 (nếu liên quan đến đơn hàng chưa hoàn thành) hoặc Nợ TK 632 (nếu đơn hàng đã hoàn thành)

Có TK 111/112/331 (chi trả)

Khi xuất hóa đơn bán hàng:

Nợ TK 131

Có TK 511

7.2. Phân loại sai lệ phí hải quan

Doanh nghiệp thường không tách bạch rõ các loại lệ phí hải quan: khoản nào phải cộng vào giá trị hàng nhập, khoản nào được ghi nhận là chi phí quản lý doanh nghiệp. Việc này dễ dẫn đến sai lệch giá vốn, làm biến động giá thành, ảnh hưởng tới đánh giá hiệu quả kinh doanh và tiềm ẩn rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

Định khoản đúng:

Nếu lệ phí liên quan trực tiếp đến giá trị hàng nhập:

Nợ TK 156 hoặc TK 152

Nợ TK 1331

Có TK 331

Nếu lệ phí không liên quan trực tiếp:

Nợ TK 642

Nợ TK 1331

Có TK 331

Hạch toán chi phí hải quan không chỉ đơn thuần là nghiệp vụ bắt buộc mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến giá vốn hàng nhập khẩu và chi phí bán hàng khác. Nếu làm thủ công, kế toán sẽ mất nhiều thời gian cho việc nhập liệu, phân bổ chi phí và lập báo cáo.

Cách nhanh nhất để kế toán tối ưu thời gian mà vẫn đảm bảo được tính chính xác là sử dụng phần mềm kế toán. Misa là một trong những phần mềm được kế toán viên đánh giá cao nhất hiện tại về các tính năng như tự động hạch toán lệ phí hải quan, vận chuyển,… đến phân bổ chi phí theo lô hàng. Dữ liệu được đồng bộ hóa và tổng hợp vào hơn 200 báo cáo tài chính, thuế, quản trị theo thời gian thực, hỗ trợ lãnh đạo kiểm soát chi phí XNK chính xác, minh bạch và kịp thời.

hạch toán lệ phí hải quan
Phần mềm kế toán tích hợp trí tuệ nhân tạo

Khi hạch toán lệ phí hải quan, kế toán phải nắm vững quy định pháp luật, phân loại chính xác chi phí và thực hiện ghi nhận kịp thời. Điều này không chỉ giúp báo cáo tài chính minh bạch mà còn hạn chế rủi ro về thuế và tài chính cho doanh nghiệp. Để tối ưu quy trình và giảm sai sót, bạn có thể tham khảo các công cụ phần mềm kế toán hỗ trợ tự động hạch toán, giúp công việc nhanh chóng và hiệu quả hơn.