Phương pháp khấu trừ là cách tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) phổ biến, giúp doanh nghiệp xác định chính xác số thuế phải nộp, tránh đánh thuế hai lần và tối ưu chi phí hợp lý. Đây là phương pháp mang lại nhiều lợi ích trong quản lý thuế, đảm bảo tính minh bạch và công bằng cho người nộp thuế. Trong bài viết này của ketoan.vn, chúng ta sẽ cùng tìm hiểu chi tiết về phương pháp khấu trừ thuế GTGT, từ khái niệm, đối tượng áp dụng cho đến nguyên tắc và điều kiện thực hiện.
1. Khấu trừ là gì?
Khấu trừ thuế là việc trừ phần thuế đã hoặc sẽ nộp khỏi tổng số thuế phải đóng. Cách tính này giúp tránh đánh thuế hai lần và đảm bảo công bằng cho người nộp thuế. Các hình thức khấu trừ phổ biến hiện nay có thể kể đến như:
- Khấu trừ thuế GTGT: Doanh nghiệp được trừ thuế GTGT đầu vào khỏi thuế GTGT đầu ra. Nếu phần đầu vào lớn hơn đầu ra, doanh nghiệp có thể được hoàn thuế hoặc chuyển số dư sang kỳ sau.
- Khấu trừ thuế TNCN: Doanh nghiệp khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trực tiếp từ tiền lương trước khi nộp cho cơ quan thuế. Người lao động được hưởng các khoản giảm trừ như gia cảnh, bảo hiểm xã hội và bảo hiểm y tế.
- Khấu trừ thuế TNDN: Doanh nghiệp được trừ các chi phí hợp lý như tiền lương, nguyên vật liệu, khấu hao tài sản trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Khấu trừ thuế tại nguồn: Một số khoản thu nhập bị khấu trừ ngay khi phát sinh, chẳng hạn thu nhập của doanh nghiệp nước ngoài tại Việt Nam.
Nội dung tiếp theo sẽ nói sâu hơn về khấu trừ thuế giá trị gia tăng để bạn đọc có cái nhìn chi tiết hơn.
2. Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng là gì?
Khấu trừ thuế GTGT là cách doanh nghiệp trừ phần thuế giá trị gia tăng đầu vào (phát sinh khi mua hàng hóa, dịch vụ) khỏi phần thuế đầu ra (thu được khi bán hàng hóa, dịch vụ) trước khi nộp cho Nhà nước.
Mục đích của việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng:
- Tránh đánh thuế trùng lặp: Chỉ tính thuế trên phần giá trị tăng thêm, không đánh trên toàn bộ giá trị sản phẩm.
- Giảm chi phí thuế: Doanh nghiệp tiết kiệm chi phí, cải thiện dòng tiền và tăng hiệu quả lợi nhuận.
- Nâng cao sức cạnh tranh: Giảm giá thành sản phẩm, giúp doanh nghiệp dễ dàng cạnh tranh trên thị trường.
- Tăng tính minh bạch: Yêu cầu có hóa đơn, chứng từ hợp lệ giúp hạn chế gian lận thuế.
- Thúc đẩy đầu tư và tiêu dùng: Giảm gánh nặng thuế đầu vào, khuyến khích sản xuất và mở rộng tiêu dùng.
- Hỗ trợ hoạt động xuất khẩu: Giúp doanh nghiệp xuất khẩu giảm chi phí, tăng lợi thế về giá.
- Cải thiện quản lý thuế: Cơ quan thuế dễ dàng theo dõi, kiểm soát và đảm bảo tính công bằng trong thu nộp.
Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) giúp doanh nghiệp xác định chính xác số thuế cần nộp. Doanh nghiệp tính bằng cách lấy thuế GTGT đầu ra trừ đi thuế GTGT đầu vào.
- Thuế GTGT đầu vào: Phát sinh khi doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ để phục vụ sản xuất kinh doanh.
- Thuế GTGT đầu ra: Tính trên giá trị hàng hóa, dịch vụ mà doanh nghiệp bán cho khách hàng.
Công thức xác định thuế phải nộp:
| Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra – Thuế GTGT đầu vào |
3. Đối tượng áp dụng cách tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ
Theo khoản 2 Điều 11 Luật Thuế Giá trị gia tăng năm 2024, được hướng dẫn tại Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, các đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT bao gồm những cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn và chứng từ theo quy định pháp luật. Cụ thể như sau:
Cơ sở bắt buộc áp dụng phương pháp khấu trừ
- Doanh nghiệp hoặc cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ hoạt động bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ đạt từ 1 tỷ đồng trở lên.
Cơ sở đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ
- Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng nhưng vẫn muốn thực hiện khấu trừ thuế.
- Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở đang nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
- Doanh nghiệp mới thành lập có dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, thuộc nhóm được đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.
- Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc diện phải phê duyệt theo pháp luật đầu tư, nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền trong doanh nghiệp phê duyệt.
- Doanh nghiệp hoặc hợp tác xã mới thành lập có hoạt động đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh.
Các tổ chức, cá nhân đặc thù áp dụng phương pháp khấu trừ
- Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu hoặc nhà thầu phụ, thực hiện nộp thuế nhà thầu có bao gồm thuế GTGT.
- Tổ chức kinh tế khác, kể cả các đơn vị thuộc tổ chức chính trị, chính trị – xã hội, có hệ thống kế toán đầy đủ và xác định được thuế đầu vào, đầu ra, được đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.
- Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa hoặc dịch vụ phục vụ hoạt động dầu khí (tìm kiếm, thăm dò, khai thác) nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai và nộp thay.
- Chi nhánh mới thành lập của doanh nghiệp đang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, nếu chi nhánh khai thuế GTGT riêng, thì cũng áp dụng phương pháp khấu trừ để kê khai và nộp thuế.
Lưu ý: Hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh không áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT.
4. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng
Căn cứ khoản 2 Điều 14 Luật Thuế Giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, được hướng dẫn tại Mục 2 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp muốn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào cần đáp ứng các điều kiện sau:
- Có chứng từ hợp pháp: Doanh nghiệp phải có hóa đơn giá trị gia tăng hợp lệ của hàng hóa, dịch vụ mua vào; hoặc chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu; hoặc chứng từ nộp thay thuế GTGT cho phía nước ngoài theo quy định pháp luật.
- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (kể cả hàng nhập khẩu) có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT), doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt như chuyển khoản, séc, hoặc hình thức thanh toán điện tử khác. Một số trường hợp đặc thù có thể được miễn yêu cầu này theo quy định tại khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
Ngoài hai điều kiện trên, hàng hóa và dịch vụ xuất khẩu phải kèm theo các chứng từ sau:
- Hợp đồng với bên nước ngoài về việc bán hàng, gia công hoặc cung cấp dịch vụ.
- Hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ theo đúng quy định.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
- Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, trừ các trường hợp được miễn theo quy định của pháp luật hải quan.
- Phiếu đóng gói, vận đơn và chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có) nhằm chứng minh giao dịch thực tế.
5. Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Căn cứ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế Giá trị gia tăng và Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào được thực hiện theo các nguyên tắc sau:
5.1 Nguyên tắc khấu trừ chung
- Hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động chịu thuế GTGT: Được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
- Hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT: Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng phần thuế đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ.
- Nếu không hạch toán riêng được, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ:(Doanh thu chịu thuế GTGT + Doanh thu không phải kê khai, tính thuế GTGT) ÷ Tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Việc phân bổ được thực hiện tạm thời theo tháng hoặc quý, và cuối năm doanh nghiệp phải điều chỉnh lại để xác định chính xác số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.
Các trường hợp được khấu trừ toàn bộ:
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng vốn viện trợ nhân đạo hoặc viện trợ không hoàn lại.
- Thuế GTGT đầu vào của hoạt động tìm kiếm, thăm dò và phát triển mỏ dầu khí.
- Hàng hóa sử dụng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo, dù là hàng mua ngoài hay tự sản xuất.
- Thuế GTGT đã nộp theo quyết định ấn định của cơ quan hải quan, trừ phần bị xử phạt do gian lận hoặc trốn thuế.
- Chi phí chi hộ cho dự án đầu tư: Trường hợp doanh nghiệp giao cho Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư, được khấu trừ theo hóa đơn GTGT mang tên doanh nghiệp.
Lưu ý: Không được khấu trừ lại phần thuế GTGT đầu vào đã được Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh kê khai.
Trường hợp thay đổi phương pháp tính thuế
- Chuyển từ phương pháp trực tiếp sang phương pháp khấu trừ: Được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh kể từ kỳ đầu tiên kê khai theo phương pháp khấu trừ.
- Chuyển từ phương pháp khấu trừ sang phương pháp trực tiếp: Phần thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết được:
- Khấu trừ trong kỳ thuế cuối cùng, hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định theo quy định thuế TNDN: Không được khấu trừ đối với hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Các trường hợp đặc biệt
- Hàng hóa, dịch vụ chuyển từ đối tượng không chịu thuế sang chịu thuế GTGT: Được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động chịu thuế kể từ ngày 01/7/2025.
- Tài sản cố định, máy móc, thiết bị không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
- Dùng chuyên biệt cho sản xuất sản phẩm quốc phòng, an ninh.
- Thuộc tổ chức tín dụng, doanh nghiệp bảo hiểm, chứng khoán, y tế, giáo dục.
- Là máy bay, trực thăng, tàu lượn, du thuyền không sử dụng cho kinh doanh vận tải, du lịch, khách sạn.
- Quy định này áp dụng cả cho tài sản thuê và chi phí sửa chữa liên quan.
- Các trường hợp không được khấu trừ
- Văn phòng tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp kinh doanh.
- Đơn vị hành chính sự nghiệp như bệnh viện, trường học, viện nghiên cứu, nhà nghỉ điều dưỡng,…
6.2 Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT trong các trường hợp đặc thù
| Nhóm trường hợp | Nội dung chi tiết | Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT |
| 1. Hàng hóa, dịch vụ phục vụ người lao động | Hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định phục vụ người lao động trong khu sản xuất, nhà ở, trạm y tế cho công nhân | Được khấu trừ toàn bộ |
| Tiền thuê, xây hoặc mua nhà ở cho công nhân trong khu công nghiệp theo tiêu chuẩn thiết kế, giá thuê quy định | Được khấu trừ | |
| Xây dựng hoặc mua nhà ở ngoài khu công nghiệp để bố trí cho công nhân khu công nghiệp (đảm bảo quy định thiết kế) | Được khấu trừ | |
| 2. Tiền thuê nhà cho chuyên gia nước ngoài | Doanh nghiệp thuê nhà cho chuyên gia nước ngoài làm việc, hưởng lương tại Việt Nam theo HĐLĐ ký với doanh nghiệp Việt Nam | Không được khấu trừ |
| Chuyên gia là nhân viên doanh nghiệp nước ngoài, được cử sang Việt Nam; chi phí thuê nhà do doanh nghiệp Việt Nam thanh toán theo hợp đồng với doanh nghiệp nước ngoài | Được khấu trừ | |
| 3. Góp vốn bằng tài sản | Tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hóa đơn hợp pháp, được hội đồng góp vốn chấp thuận; trị giá vốn góp tính theo giá ghi trên hóa đơn (gồm thuế GTGT) | Bên nhận vốn góp được khấu trừ thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua tài sản |
| 4. Mua hàng hóa, dịch vụ dưới hình thức ủy quyền | Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản, thay vật tư; hóa đơn đứng tên người được ủy quyền, thanh toán không dùng tiền mặt (≥ 5 triệu đồng) | Được khấu trừ tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm |
| Sáng lập viên ủy quyền cho cá nhân, tổ chức chi hộ chi phí thành lập doanh nghiệp (mua vật tư, hàng hóa…) có hóa đơn hợp lệ và thanh toán không dùng tiền mặt (≥ 5 triệu đồng) | Được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn của bên được ủy quyền | |
| 5. Ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống | Ô tô có trị giá vượt 1,6 tỷ đồng (chưa có thuế GTGT) | Chỉ khấu trừ phần thuế tương ứng giá trị ≤ 1,6 tỷ đồng; phần vượt không được khấu trừ |
| 6. Cơ sở sản xuất – kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín | Cơ sở sản xuất, kinh doanh hạch toán tập trung, sử dụng sản phẩm không chịu thuế GTGT qua các khâu để tạo ra hàng hóa chịu thuế GTGT | Được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào |
7. Lưu ý quan trọng về phương pháp khấu trừ thuế GTGT
Để việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng được chính xác và tuân thủ quy định pháp luật, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý những điểm sau:
- Lưu trữ đầy đủ chứng từ, hóa đơn hợp lệ: Tất cả hóa đơn GTGT, chứng từ thanh toán và hồ sơ liên quan phải được bảo quản cẩn thận để phục vụ công tác kiểm tra, đối chiếu của cơ quan thuế.
- Kiểm tra và điều chỉnh hóa đơn kịp thời: Nếu phát hiện sai sót trong hóa đơn GTGT (như sai mã số thuế, giá trị, thuế suất…), doanh nghiệp cần lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế đúng quy định để tránh bị loại khỏi số thuế được khấu trừ.
- Thẩm định đối tác, tránh rủi ro thuế: Doanh nghiệp nên kiểm tra danh sách các đơn vị có dấu hiệu vi phạm hoặc rủi ro cao về thuế trước khi ký hợp đồng mua bán. Việc mua hàng từ các doanh nghiệp vi phạm có thể khiến hóa đơn không được chấp nhận khấu trừ.
Việc áp dụng đúng phương pháp khấu trừ thuế GTGT giúp doanh nghiệp vừa tuân thủ quy định pháp luật, vừa tận dụng tối đa quyền lợi thuế được khấu trừ. Nắm vững nguyên tắc, điều kiện và các trường hợp đặc thù trong khấu trừ thuế sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong quản lý tài chính, hạn chế rủi ro và phát triển bền vững.
